Foreningen fungerer som paraply organisation, og under paraplyen finder du foreningerne Samsø Energi og Miljøkontor (SEMK), Samsø Havvind og Samsø Energihotel.

En forening skal have en bestyrelse. Bestyrelsen vælger en formand. Dermed er de demokratiske spilleregler i orden og Energiakademiet har en demokratisk ledelse, som ansætter en daglig leder af foreningens aktiv, Energiakademiet. 

Bestyrelsen udformer foreningens vedtægter. 

Vedtægterne godkendes på den årlige generalforsamling og er foreningens retningslinjer og spilleregler. 

Heri står også hvad foreningens formål er. Formålsparagraffen er den til enhver tid gældende rettesnor for de ansatte og bestyrelsens arbejde. 

Det er også i formålsparagraffen, at foreningen anerkendes lovmæssigt og dermed registreres i selskabsstyrelsen. Bestyrelsen består i høj grad af Energiakademiets samarbejdsrelationer.

De repræsenterer private, forskellige organisationer, institutioner og virksomheder.