Foreningen Samsø Energi- og Miljøkontor blev stiftet 1997 og åbnede samme år et kontor til vejledning af borgere der var interesseret i energibesparelser og vedvarende energi.

Baggrunden
Med udgangspunkt i ENERGI 21, der var regeringens energihandleplan fra 1996, udskrev regeringen i foråret 1997 en konkurrence om at blive udpeget til Danmarks Vedvarende Energi Ø. Samsø blev udpeget som Danmarks Vedvarende Energi Ø, som det blev formuleret af energi- og miljøminister Sven Auken ved udnævnelsen d. 6. november 1997.

Flere borgere på Samsø udtrykte at der manglede direkte borgerindflydelse, men projektgruppen henviste til konkurrenceelementet samt den snævre tidshorisont (1½ måned) til udarbejdelse af energiplanen. Uanset at det på pågældende tidspunkt endnu ikke var afgjort hvilken ø, der ville vinde, blev det i juli måned 1997 besluttet at stifte foreningen “Samsø Energi- og Miljøkontor” (SEMK).

Foreningens bestyrelse åbnede et kontor til vejledning af borgere, der var interesseret i energibesparelser og vedvarende energi. Efter Samsø var udpeget til Danmarks Vedvarende Energi Ø besluttede Energistyrelsen, at yde økonomisk støtte til SEMK. 
SEMK startede i 1998 med at oplyse borgerne på øen om Energi-Ø projektets muligheder. Den udarbejdede 10 års plan skulle bruges som drejebog for projektet. 10 års planen havde den simple målsætning at gøre Samsø 100 % selvforsynende med vedvarende energi på de 10 år. Dette mål og resten af projekterne i 10 års planen blev opnået i 1998.

SEMK og SE samarbejdede stort set, om alle energiprojekterne på Samsø og de 2 organisationers sekretariater flyttede da også sammen i år 2000. Disse to organisationer organiserede kampagner og møder, både individuelt og kollektivt, fra starten af VE-Ø projektet. Dette betød at fælles møder ofte gav både en teknisk og en mere generel version af et specifikt projektforslag. Dette hjalp til at sikre, at øen borgere kunne deltage aktivt i de indledende processer, der var forbundet af nye VE-ø-projekter, for eksempel sammenføjning af borgergrupperne, der arbejdede med eksempelvis fjernvarmeprojekter.

Den økonomiske støtte til SEMK fra Energistyrelsen ophørte i 2002, hvorefter sekretariatets funktioner og økonomi blev omlagt og baseret bl.a. på projektarbejder og konsulentfunktioner, og på grund af ændrede politisk-økonomiske forhold, standsede SE sine aktiviteter i juni 2005.

Samsø Energiakademi åbnede officielt dørene for offentligheden d. 11. maj 2007. Akademiet fungerer, som i dag, som projekthus, center og udstilling for vedvarende energi og energibesparelser m.m. Energiakademiet husede indtil januar 2016 også Energitjenesten Samsø, hvor bevillingen til Energitjenesten ophørte. SEMK har stadig til huse på Akademiet, og har via en samarbejdsaftale med Akademiet om bl.a. regnskabs teknisk samarbejde m.m., stadig sin daglige gang og drift i huset. Hvilket også afspejles i, at SEMK har 2 pladser i Akademiets bestyrelse.

SEMK har gennem tiden investeret i Samsø Havvind, Paludans Flak, Samsø Energi Hotel ApS og Samsø Biogas IVS. Samsø Energi og Miljø Kontor er derfor medejer af organisationen Samsø Havvind. Dette selskab blev i sin tid dannet for at koordinere offshore vindmølleprojektet, og SEMK har derfor også 2 pladser i Samsø Havvinds bestyrelse. Ud over disse bestyrelsesposter har SEMK også pladser i Erhvervsforum, Center rådet for VE, Grønt råd og Samsø Biogas IVS.